用蜂花粉制成的食品、化妆品约有0.0001%~0.0002%的人会产生轻微过敏症状，其主要原因是蜂花粉具有抗原性。免疫学研究表明，蜂花粉的水溶性提取物和脂溶性提取物对实验动物会产生轻微的抗原性。同时，研究表明，风媒蜂花粉是人群蜂花粉过敏的主要过敏原。尽管蜂花粉制品只对极少数人有过敏现象，但是这些现象也会影响到蜂花粉制品的销售、严重的还可能引起产生消费索赔纠纷。
在实际应用中，在制作蜂花粉食品、化妆品时常采用水煮、加热或发酵的方法进行脱敏处理，在本质是破坏蜂花粉中某些具有抗原特性的蛋白质结构，使其失去致敏性。这些方法被广泛采用，但是能否完全脱敏，尚无有效的检验方法进行证明。
一、水煮脱敏法
将蜂花粉分散于水中，以60℃加热1小时，使其中的蛋白质发生变性而脱敏。
二、加热法
把蜂花粉放在105℃烘箱内，烘烤3分钟，取出后迅速冷却至室温。
三、发酵脱敏
通过微生物发酵，使蜂花粉中某些具有抗原特性的蛋白质分解或变性。该法兼有杀灭病原微生物和破壁的作用。这种发酵是模拟蜜蜂在蜂箱里的条件进行的。将蜂花粉原料的水分调到20%~25%，放置于35℃的发酵室内，发酵48~72小时，即可达到脱敏的目的。注意在发酵过程中，温度不宜过高，否则会使蜂花粉变色、变质。如果发酵温度低于30℃，发酵时间则需要延长。发酵用的蜂花粉，本身必须带有发酵微生物，如果是经过高温或其他灭菌处理的蜂花粉，则需要人工接种发酵微生物。
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