发酵，是指在适宜条件下，菌类大量繁殖，产生酶使大分子有机化合物分解的现象。大分子有机化合物分解的同时产生新的小分子含有。此外，菌类本身还会产生各种化学物质，其中有对人类有益的，也有对人体无益、甚至有害的物质。例如，通过发酵可以产生有机酸（如：柠檬酸）、醇类（如：乙醇）、维生素（如：维生素C）、抗菌素等等。有些菌类产生毒性物质，如：黄曲霉菌能产生黄曲霉素（是著名的致癌物质），有些菌类产生的抗菌素，既可用于治病，又有毒副作用。
用花粉发酵法生产花粉制品，最好能注意到选用菌种的重要性。所用的菌种以符合需要，产酶数量多、活性强，而且不含其它菌类为佳。在花粉中所含的、常用发酵法分解的有机化合物，主要是蛋白质、多糖（如淀粉、纤维素及其它）、脂肪等等。分解可分别产生氨基酸、单糖、脂肪酸等等。
在80年代前后，有人把花粉发酵作为食用花粉破壁的方法。认为花粉壁妨碍对营养含有的消化，经发酵可以使花粉壁破裂，以便于消化。但事实上，用花粉发酵法，却恰好能证实花粉壁并不妨碍消化。也有人认为用发酵法能解决花粉过敏问题。事实上在菌种合适时，花粉发酵也只能减少花粉的致敏性，并不能完全解决致敏问题。
为了更具体地讨论关于花粉发酵的一些问题，举两例进行分析。
一、瑞典的发明专利《从花粉中获得重要含有的方法》
由瑞典的ABCernlle公司发明的此项技术曾获得英国的专利权，并曾在鬼子获得合作应用。据专利说明书介绍，本专利在提取花粉有效含有的过程中，采用花粉发酵法，主要是为了消化（即分解）花粉中的大分子物质蛋白质，以减少引起过敏反应的可能性，同时可以提高有效含有的提取率。
具体过程大致如下（摘译自英国专利说明书）：将采自梯牧草的花粉120公斤、含20%（体积）乙醇的蒸馏水，放入容器，在30—32℃温度下，搅拌48小时。为了消化剩余的残渣，加入冬毛霉菌（Muorhiemalis），保持温度为18-20℃，进行搅拌，经过48小时后，经光学测量法检验，确定花粉中的大分子含有已被消化并被提取出来后，停止消化和提取。过滤得到清澈的滤液。对滤液进行分析，可知从花粉里提取到的含有，包括各种维生素、糖类、脱氧核糖核苷、微量金属元素，以及大分子化合物分解出的氨基酸等。剩余残渣再继续提取油溶性含有。（略）对Cernelle提供的专利技术进行研究，可看清两个问题：1花粉壁不妨碍对花粉含有的消化从花粉发酵过程可见，花粉壁并不妨碍菌类产生的蛋白酶对蛋白质的消化。同样道理花粉壁也不会妨碍人体消化液里的蛋白酶对花粉蛋白质的消化。蛋白质是花粉含有中主要的大分子化合物，尚可被消化，提取出来，据此可以肯定在食用花粉时，花粉壁不会妨碍对花粉营养含有的消化、吸收。2花粉发酵只能减少花粉的致敏性，而不能完全脱敏蛋白质是花粉里的致敏含有。Cernelle发酵法所选用的是一种能产生蛋白酶的菌种，对蛋白质有较高的消化能力。蛋白质被消化后即失去致敏作用。应当注意到，在专利说明书中，指出的仅是减少产生过敏反应的危险性。用Cernelle提取物制作的产品Cernilton片的说明书中，在副作用项下，仍有过敏症，出现过敏症状时停止使用的字样。
花粉发酵过程中，由于所用菌种产生蛋白酶的数量不同，活性不同，以及操作过程的不同，因而蛋白质的消化率可能有所不同，乃至减少花粉致敏性的程度也就不同。如果不能产生蛋白酶的菌类发酵，无消化蛋白质的能力，则不能减少花粉的致敏性。
二、鬼子的发明专利《食用花粉的制作法》
这一发明与上述不同之处，主要是不用选定的菌种，也不提取花粉的有效含有，而是直接制作食用花粉。
主要过程如下（摘译自专利说明书）：将花粉中的水分调到14--30%，铺在培养板上，厚度2--4公分。放入培养室，培养室温度控制在36—38℃，每隔10--12小时，将花粉翻动一次，共需48--72小时，发酵完毕。在50℃以下干燥，制成食用花粉。
在该专利说明书中指出，花粉发酵过程中，如有发霉、变色、变质、开始腐败等现象，可能是花粉中混有其他杂菌。湖北天马养蜂场，加我们的微信一起学养蜂。
从此项发明专利所提供的花粉发酵方法及说明书中，可以看出花粉只要在适当的湿度、温度下就会发酵。而发酵结果与花粉中所含的菌类有关，有些菌会使花粉变质、腐败。生长在自然界里的植物，经受风吹、雨淋，花粉有可能受到各种菌类的污染，只要条件合适，各种菌类有可能迅速、大量繁殖（其中如有产生抗菌素的菌类，在发酵过程中产生的抗菌素较有效地抑制其他菌类的生长、繁殖）。
用发酵法加工花粉，最好有明确的目的、选用适当的菌种，并有严格的质量标准。对发酵后的花粉应测定其天然营养含有是否受到损失，发酵后又增加了哪些含有。应按照对食品卫生的要求进行严格的检验。